日本主要税种包括三大类：所得税（国税）、住民税（地方税）、消费税。所得税和住民税计算比较复杂，在下面详细展开。消费税为统一税率 10%，部分食品和新闻订阅适用 8%的轻减税率。
所得税（国税）所得税是指从 1 月 1 日到 12 月 31 日的 1 年间，个人收入总额的税款。在日本有收入的人都需要自己计算好所得税金额，然后向税务局进行确定申告，缴纳所得税（如果是在公司工作情况会有所不同，见下方的源泉所得税介绍）。
目前所得税采用累进税率：根据国税厅官网，2015 年之后所得税按照年收入分为 7 档，最高税率 45%。
課税される所得金額税率控除額1,000 円 から 1,949,000 円まで5％0 円1,950,000 円 から 3,299,000 円まで10％97,500 円3,300,000 円 から 6,949,000 円まで20％427,500 円6,950,000 円 から 8,999,000 円まで23％636,000 円9,000,000 円 から 17,999,000 円まで33％1,536,000 円18,000,000 円 から 39,999,000 円まで40％2,796,000 円40,000,000 円 以上45％4,796,000 円税額控除前の所得税 = 課税所得 × 所得税率 − 控除額 （1）
公式中的控除額是为了快速计算累计税率，以課税所得 1000 万日元为例，税額控除前需缴纳的所得税为：
10,000,000 円 × 0.33 - 1,536,000 円 = 1,764,000 円
对于会社員やパート、アルバイト、派遣社員等給与所得者：
課税所得 = 年収 − 給与所得控除 − 15 种所得控除 （2）
年収：一年中的工资和奖金的总额，计算时，以工资的发放日期为基准，而不是按照工作所属月份来确定。給与所得控除：根据下面的表格进行计算。15 种所得控除：参照下面的详细介绍。給与等の収入金額給与所得控除額1,625,000 円まで550,000 円1,625,001 円 から 1,800,000 円まで収入金額 ×40％-100,000 円1,800,001 円 から 3,600,000 円まで収入金額 ×30％+80,000 円3,600,001 円 から 6,600,000 円まで収入金額 ×20％+440,000 円6,600,001 円 から 8,500,000 円まで収入金額 ×10％+1,100,000 円8,500,001 円以上1,950,000 円（上限）对于不需要缴纳所得税的津贴，无需计入收入总额。例如，与工资一同发放的、符合规定金额以内的通勤津贴、一定金额以下的夜班或值班津贴、出差旅费等，都属于免税范围。
源泉所得税和所得税的区别所得税：纳税人本人亲自向国家缴纳的所得税。源泉所得税：公司预先从工资、奖金等收入中扣除一定金额，并代替給与所得者向国家缴纳的所得税。由于所得税是基于个人年度收入总额计算的税款，因此，在 12 月结束、全年收入确定之前，无法得知确切的所得税金额。然而，給与所得者每月都会领取工资，全年大致的所得税金额是可以预估的，因此也可以计算出个人的预估所得税金额。为了确保能够准确地征收所得税，与其让每个人各自计算并申报税款，不如由支付工资的公司统一计算并代扣代缴所有人的所得税，这样更为高效。
在实际的所得税计算过程中，会综合考虑年度总收入、15 种所得控除、税额控除等因素，最终确定应纳税额。而源泉所得税的计算仅依据当月扣除社会保险费用后的工资金额以及受扶养亲属的数量等因素，仅考虑部分扣除项目。因此，在适用未被源泉所得税计算考虑的所得控除或税额控除后，最终计算出的实际所得税金额可能与已扣缴的源泉所得税金额存在差异。这种差异会通过年末调整来进行修正。
15 种所得控除1. 基礎控除合計所得金額在 2,500 万円以下时，控除額为 48 万日元。
根据2025 年税改大纲，基础控除额提高到 58 万日元。
2. 配偶者控除如果纳税人在所得税法上有符合条件的受抚养配偶者，则可以享受一定金额的所得控除。
配偶者控除适用条件：
纳税人年收入小于1000 万円配偶者年收入小于48 万円所得金額控除額 1️⃣900 万円以下38 万円900 万円超 950 万円以下26 万円950 万円超 1,000 万円以下13 万円1️⃣ 如果受抚养配偶者年龄大于 70 岁，控除额会有一定变化。
3. 配偶者特別控除在配偶者控除条件的基础上，如果纳税人配偶者的年收入大于 48 万円，但是小于 133 万円，则可适用配偶者特別控除，具体金额参照上方的官网链接。
4. 扶養控除如果纳税人在所得税法上有符合条件的受抚养亲属，则可以享受一定金额的所得控除。
扶養親族（同居）适用条件：
配偶者以外的亲属（包括六亲等以内的血亲及三亲等以内的姻亲）与纳税人共同生活，即经济上保持同一生计。年所得总额不超过 48 万日元，如果仅有工资收入，则工资收入须在 103 万日元以下。扶養親族（非居住者）适用条件：
16 ～ 30 岁、70 岁及以上30 岁到 70 岁，但满足下列条件因留学而不再在日本国内拥有住所或居所残疾人从纳税人处获得 38 万日元以上的生活费或教育费区分控除額一般（下列年龄段之外）38 万円特定扶養親族（19 ～ 23 岁）63 万円老人（70 岁以上）扶養親族（非同居）48 万円老人（70 岁以上）扶養親族（同居）58 万円5. 医療費控除纳税人为自己、配偶者或其他亲属支付了医疗费用，且该医疗费用超过了一定金额，则可以根据下面公式计算所得控除金额（最高限额为 200 万日元）：
医療費控除金额 = 实际支付的医疗费 - 保险赔付和补助金 - 10 万日元
此外，在 2017 年 1 月 1 日至 2026 年 12 月 31 日期间，如果纳税人或其配偶者或其他亲属支付了特定一般用医药品等的购买费用，并且该纳税人在该年度内参与了健康管理或疾病预防（如定期健康检查、疫苗接种等），则可以在通常的医療費控除和セルフメディケーション税制之间进行选择。
セルフメディケーション控除金额：医药品的购买金额（扣除保险补偿部分）超过 12,000 日元的部分，最高限额为 88,000 日元。
6. 寄附金控除如果纳税人向国家、地方公共团体或特定公益增进法人等机构捐赠了特定寄附金，则可以按照下列公式申请所得控除。
寄附金控除额 = min(1️⃣, 2️⃣) − 2,000 日元
1️⃣ 该年度支付的特定寄附金总额 2️⃣ 该年度总所得金额的 40%
6.1 ふるさと納税(寄附金控除)ふるさと納税是一项允许纳税人向自己选择的地方自治体捐款，并在所得税和個人住民税中获得相应控除的制度。
1️⃣ 所得税控除：（ふるさと納税額－2,000 円）× 所得税率
2️⃣ 個人住民税（基本分）：（ふるさと納税額－2,000 円）× 10%
3️⃣ 個人住民税（特例分）：（ふるさと納税額 － 2,000 円）× （100％ － 10％（基本分）－ 所得税率）
若符合ふるさと納税ワンストップ特例，则无需额外进行确定申告，下面是两种流程的比较示意图：
ふるさと納税示例：通过ANA のふるさと納税、さとふる捐款 10 万日元，就能减免 98000 日元的税，并收到当地发来的谢礼，谢礼的价值一般约为捐款的 30%，起到变相节税的效果。
7. 社会保険料控除如果纳税人为自己、配偶者或其他亲属支付了社会保険料（国民健康保険、健康保険、国民年金、厚生年金、雇用保険、介護保険等），则可以就支付金额申请所得控除，通过工资扣除或养老金扣除的保险费同样适用。
8. 生命保険料控除如果纳税人支付了生命保険料、介護医療保険料或個人年金保険料，则可以申请特定方法计算的所得控除（最大 12 万円）。
9. 地震保険料控除如果纳税人支付了损害保险合同中涉及地震等灾害损害部分的保险费（掛金），则可以申请最大 5 万円的所得控除
10. 小規模企業共済等掛金控除如果纳税人支付了根据《小規模企業共済法》规定的共济合同所需的保险费（掛金），则可以申请保险费全额的所得控除。
11. ひとり親控除如果纳税人是单亲家庭，则可以申请 35 万円的所得控除。
单亲（ひとり親）的认定条件：
没有事实婚姻关系：纳税人未婚或配偶者生死不明，且不存在事实婚姻关系有共同生活的子女，该子女年总所得金额不超过 48 万日元，且未被其他人申报为配偶或受抚养亲属纳税人当年的总所得金额不超过 500 万日元。12. 寡婦控除如果纳税人本人是寡妇，可以获得 27 万円所得控除。
13. 勤労学生控除如果纳税人本人是勤労学生，可以获得 27 万円所得控除。
14. 障害者控除如果纳税人本人、配偶者或受抚养亲属符合所得税法规定的残疾人条件，则可以申请一定金额（27 万円～ 75 万円）的所得控除。
15. 雑損控除如果因灾害、盗窃或侵占导致符合杂损控除适用资产条件的资产受损，纳税人可以申请一定金额的所得控除。
年末调整和确定申告想要享受上述15 种所得控除，需要在年末调整或个人所得税申报（确定申告）时进行申报。
年末調整：公司代替员工精算所得税的手续，仅适用于工资所得。但是工资收入超过 2000 万的需要自己进行确定申告。确定申告：纳税人自行申报全年所得税额，适用于所有所得（包括工资、投资、经营所得等）。即使公司员工已完成年末调整（年末調整），在以下情况下，仍需要进行个人所得税申报（确定申告）：
首次申请住宅ローン控除：第一年申请住宅ローン控除的纳税人必须进行确定申告。从第二年起，可以直接通过年末调整办理，无需额外申报希望申请年末调整无法适用的控除。例如：医療費控除、寄附金控除（不适用时）、雑損控除未使用ふるさと納税ワンストップ特例的情况下，申请ふるさと納税控除副业所得（杂收入）如自由职业、兼职、投资收益等超过 20 万日元，则必须进行确定申告并申报额外收入税額控除和復興所得税应纳所得税 = 所得税 − 税额控除額 + 復興所得税（3）
税额控除：可以直接从所得税金额中扣除的优惠政策，例如股息控除或住宅ローン控除等。復興所得税：筹措东日本大地震的重建资金，在 2013 年 1 月 1 日至 2037 年 12 月 31 日期间，额外征收的一项特别税。计算方法是：所得税金额 × 2.1%住宅ローン控除额：每年年底的住房贷款剩余金额的 0.7%，可从所得税（部分可抵扣次年住民税）中扣除，最长可适用 13 年。
以課税所得 1000 万日元和 20 万日元的住房贷款控除为例，最终需缴纳的所得税为：
（1,764,000 円 - 200,000 円） x 1.021 = 1,596,000 円（舍去 100 日元以下的金额）
住民税（地方税）住民税主要用于提供和维护地方行政服务，包括公共设施、上下水道、垃圾处理、学校教育等。
住民税由都道府県民税和市町村民税组成，纳税人需要将个人住民税统一缴纳给所在市町村，各市町村会将都道府县民税部分上缴至对应的都道府县。
以名古屋市为例，市民税率为 7.7%，県民税率为 2%。
市民税 = 課税所得金額（所得金額-所得控除額）×7.7％‐調整控除額-税額控除額 県民税 = 課税所得金額（所得金額-所得控除額）×2％-調整控除額-税額控除額
参考资料所得税とは？計算方法や税率、節税対策をわかりやすく解説年末調整と確定申告の違いは？対象者や控除できるものを解説